மூலவருக்கு நேர் கோட்டில் அமைக்கப்படும் கொடிமரத்திற்கு மூலவருக்கு படைக்கபடுவது போன்றே நைவேத்தியம் செய்து பூஜிப்பார்கள்.
துவஜஸ்தம்பம் என சமஸ்கிருதத்தில் அழைக்கப்படும் கோயில் கொடிமரத்தில் திருவிழா காலங்களில் கொடி ஏற்றப்படும்.
தேக்கு, சந்தனம், வில்வம் மற்றும் ஒருசில குறிப்பிட்ட வகை மரங்களை பயன்படுத்தி கொடிமரம் அமைக்கப்பட்டு உலோக கவசம் அணிவிப்பது வழக்கம். சில கோயில்களில் கல்லால் ஆன கொடிமரம் அமைக்கப்படுவது உண்டு.
கொடிமரத்தின் சதுர வடிவ கீழ் பகுதி பிரம்மாவையும், அதற்கு மேல் உள்ள எண்கோண பகுதி விஷ்ணுவையும் மேலே அமைந்துள்ளது நீண்ட தூண் போன்ற பகுதி சிவபெருமானையும் குறிக்கும்.
கோயில் கொடிமரம் அந்த கோயிலில் உள்ள மூலவருக்கு சமம் என்பார்கள். எனவே தான் சிலர் கொடிமரத்திற்கு மஞ்சள் குங்குமம் பூ சாற்றி கற்பூரம் காட்டி வழிபடுவார்கள்.
கோயிலின் ஒவ்வொரு பகுதியும் மனித உடலின் ஒவ்வொரு பகுதியை குறிக்கும். இதில் கொடிமரம் என்பது குண்டலினி சக்தியை எழுப்ப உதவும் நமது முதுகுத் தண்டை குறிக்கும்.
கோயிலுக்குள் நுழையும் முன்பு கொடிமரத்தின் அருகில் நின்று நமது பிராத்தனைகளை கூறவேண்டும்.
கோயிலை விட்டு வெளியே வந்தபின் கொடிமரத்தை மூன்று முறை வலம் வந்து நமஸ்கரிக்க வேண்டும்.